云南中医药大学建于1960年，是全国第二批建立的高等中医药院校。基础医学院是学校办学历史最长、规模较大的集教学和科研为一体的学院之一，内设6个职能办公室、11个教研室、5个教学实验中心，7个科研实验平台。
学院经过60余年的学术积淀，优秀师资丰富、教学基础完善、重点学科优势突出、科研教学成果显著，为国家和社会培养了一大批中医功底深厚、学术经验丰富、临床技能高超的中医应用型高层次人才。
学院党委于2021年被选树为云南省委教育工委“一流党建”示范党组织，现有云南省委教育工委示范“双带头人”工作室1个、校级“先进基层党组织”5个、校级“规范化建设示范党支部”2个、校级培育“双带头人”教师党支部书记工作室2个、校级培育“示范研究生党支部”1个。
学院师资力量雄厚，现有教职员工120人，其中专任教师114人，具有高级职称52人；有博士学位49人，硕士学位64人；有博士生导师5人，硕士生导师57人。拥有全国高等中医药学校教学名师、云岭教学名师1人，云南省教学名师1人、云南省优秀教师3人、云南省骨干教师11人，云南省名师工作室1个，云南师德标兵1人，国家中医优才2人，云南省名中医4人、优秀青年中医5人。云南省中医药领军人才1人、学科带头人2人，云南省兴滇英才支持计划名医1人、青年人才9人，云南省优青1人，云南省中青年学术和技术带头人2人、后备人才3人。
学院教学资源丰富，负责承办中西医临床医学本科专业，同时承担着全校中医学、中药学、针灸推拿学、康复学、护理学等20余个本科专业的中医基础课程群和西医基础课程群的理论及实验教学任务。学院荣获省级教学成果奖一等奖2项、二等奖3项，三等奖1项；有2个云南省教学团队，4门省级研究生优质课程，11门省级本科一流课程，7门省级本科精品课程、1门省级本科精品视频公开课；有1项国家级虚拟仿真实验教学项目，2项省级虚拟仿真实验教学项目，1个云南省实验教学示范中心。承担主编、副主编、编委编写各类规划教材90余部。
学院科研实力雄厚，有1个省级重点实验室、4个院士专家工作站，2个云南省科技创新团队，1个兴滇英才团队，6个云南省高校重点实验室及工程中心。荣获省部级科技成果奖6项，近三年在研厅级以上科研项目106项，其中国家级项目27项，省部级项目61项，厅局级项目18项，科研经费达2000余万元。
学院坚持以学科建设为龙头，不断加强内涵建设。牵头建设的中西医结合一级学科是国家中医药管理局“十二五”重点建设学科、云南省“十二五”优势特色建设学科，云南省“十三五”一流学科A类高原学科。该学科于2000年获得中西医结合临床硕士学位授权，2003年获中西医结合基础硕士学位授权，2022年列入云南省立项建设博士学位授权点。负责承担中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学等5个硕士学位授权点建设任务。
学院积极创新实践育人途径，努力提升育人工作成效。近三年，本科生获得大学生创新训练计划项目国家级立项22项，省级立项35项；中国国际大学生创新大赛项目（原互联网+）国家级1项、省级11项；“学创杯”大学生创业综合模拟大赛省级奖项3项，云南省大学生职业生涯大赛奖项1项。硕士研究生主持厅级课题30余项，发表多篇高影响因子论文。近三年学院考研升学率为25%，考博升学率为10%。
“十四五”期间，基础医学院将以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，秉承“传岐黄薪火、扬医者仁心”的院训精神，全面落实立德树人根本任务，传承精华，守正创新，努力培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人。
（以上数据截至2024年9月）