云南省中西医结合慢病防治重点实验室（原云南省中医药学分子生物学重点实验室）是云南中医药大学唯一一个中医学和中西医结合学科省级重点实验室，与基础医学院共建。实验室于2019年1月获云南省科技厅批准立项，2021年1月通过科技厅验收。2023年1月学校及实验室学术委员会依据学校学科建设及人才培养的需求，向科技厅平台处提出更名申请，并于2023年5月获科技厅批准正式更名为“云南省中西医结合慢病防治重点实验室”。实验室占地1000余平方米，设备总价值约1500万元。现有固定成员87人，其中高级职称57人，博士学位成员44人。实验室围绕云南省生物医药大健康产业发展的需求，聚焦云南省区域性重大慢性疾病，形成五个研究方向，深入研究高原肺系疾病、代谢性疾病、脑病、免疫相关疾病的发病机制及中西医结合防治上述慢病的机理、临床及相关药物、健康产品的研发和应用，提高我省中西医结合防治慢病的研究水平，支撑中医学和中西医结合重点学科发展，为我省生物医药大健康产业提供发展平台和原始创新。
依托重点实验室建设有4个省级创新团队、3个云南省院士（专家）工作站及10余个基层专辑工作站，并成功孵育了新型研发机构——云岭药用资源创新研究院，形成“创新研发-科技成果转化-产业化及应用示范”链条，推动中医药科技创新，助力云南省生物医药和大健康产业发展。