中医基础理论学科是云南省“十五”重点学科。该学科于1999年开始对“中医经络学”进行重点学科建设，2002年提升为中医基础理论二级学科进行重点建设。2005年1月被云南省教育厅批准为中医基础理论省级重点学科，为云南省较早的重点学科之一。
本学科承担多项国家级、省部级、校厅级各级别的课题研究工作。坚持中医传统研究方法、手段与现代科学研究方法、手段相结合，坚持中医传统理论特色与现代科学理论相结合，坚持中医药理论研究与民族医药研究相结合，开展中医基础理论研究。
依托中医基础理论重点学科的硕士学位点于1997年开始招生，至今已培养硕士研究生100余名。已毕业的硕士研究生主要从事医疗、教学及科研等工作。
本学位点共有导师5名，均为专职教师，副教授5名，其中具有博士学位人员4名，硕士学位人员1名。学科带头人和学术骨干基础理论扎实，治学作风严谨。
本学科承担和参与各级各类课题20余项，课题总经费200余万元，获得发明专利6项，实用新型专利2项，研究成果在云南省8家公立医院中推广使用。
本学位点自招生以来，已培养硕士研究生100余名，目前在读研究生7名。已毕业的硕士研究生主要从事医疗、教学及科研等工作，部分继续攻读博士学位。
主要研究方向：中医治则与治法研究
【主要研究内容】该方向立足于中医基本理论，对中医的治疗原则、治疗大法进行系统的理论整理研究；采用动物实验等方法，结合临床应用实际，探索和阐明中医学的治疗原理。
【研究特色】重点对中医学的治疗“八法”--汗、吐、下、和、温、清、消、补进行系统整理和理论研究，并逐步开展实验研究。
【研究意义】研究成果可以不断丰富中医治疗学理论体系，更好地指导临床实践。
以秉承中医理论之精华，开创现代医学新领域为目标，形成了地方特色中医治则治法研究。经过多年的努力在学科建设中获得了良好的成绩，形成了稳定的、符合当代医学发展趋势和内容丰富的研究方向。本专业汇聚了高素质中医基础理论研究人才，可为研究生的学习及研究创造优良的教学环境，为其获得优异的研究成果构筑了坚固的平台。
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