中医临床基础学科是云南中医药大学历史最为悠久的学科，也是云南中医药大学历史上名家辈出的学科。如在我省乃至全国都有一定学术影响的吴佩衡、诸葛连祥、李筱圃、苏涟和孟如等，均出自中医临床基础学科。本学科以《伤寒论》《金匮要略》和温病学等中医经典著作的理论与临床实践为研究重点，以辨证论治体系为中心，采用现代文献和实验研究方法，结合云南地方特色，探讨疾病的发生发展规律，阐述中医主要治则治法的理论和机制，深入研究经方和温病学方剂在治疗外感病、疑难杂病等临床各科疾病中的应用及科学内涵，是中医基础学科和临床学科的标梁。云南中医药大学中医临床基础专业学位点于2003年获得批准，2004年开始招生。
经过多年的建设，中医临床基础学科已经成为云南中医药大学中医类专业的主干学科，形成了一支在年龄、职称和学历结构等方面较为合理的学术队伍。学科组现有成员11人，其中教授3名、副教授4名、讲师4名；博士7名，硕士2名。硕士生导师共7名（含外聘导师1名），教授3名，副教授4名：组成了我校中医类教学和科研一支重要的力量。“中医经典教学团队”为省级教学团队。李兆福教授为云南省中医药领军人才、云南省“万人计划名医”、云南省中青年学术和技术带头人、吴佩衡扶阳学术流派第四代主要传人、云南省高校中医风湿免疫病重点实验室负责人；陈文慧教授为云南省“万人计划名医”、国家中医药管理局重点学科学科带头人；韦姗姗副教授为云南省千人计划青年人才。
在教学方面，承担了本科、硕士研究生、博士研究生等不同层次的《伤寒论选读》《金匮要略》《温病学》《中医经典选读》《中医临床基础辨证方法概论》等多门课程。其中《中医临床基础辨证方法概论》为省级研究生优质课程，《<伤寒论>理论与临床实践》与《温病学理论与临床实践》为校级研究生优质课程。《温病学》建设为省级精品课程、校级重点及一流课程，《伤寒论选读》《金匮要略》为校级重点及一流课程。
科研工作方面，已研和在研课题共计30余项。其中，李兆福教授主持国家自然科学基金4项，陈文慧教授主持国家自然科学基金项目3项，韦姗姗副教授主持国家自然科学基金项目1项。此外学科有多项省部级、厅级课题。学科研究成果发表在SCI、中文核心等学术期刊，近五年来学科发表论文160余篇，专著16部，主编或参编“十四五”规划教材3部。科研成果获得过云南省科技进步一等奖1项、三等奖2项，中华中医药学会科学技术奖二等奖2项、学术著作三等奖1项，云南省卫生科技成果奖二等奖1项、三等奖6项，云南省高等教育教学成果二等奖等奖励。
学位点历年来已培养毕业硕士生数十人，在读研究生11人。数人获得国家奖学金，并且获得校级优秀硕士毕业论文。已毕业的硕士研究生主要从事医疗、教学及科研等工作。
目前，学科经过多年的建设与发展后，凝炼研究方向如下：
一是《伤寒论》、《金匮要略》、温病学辨证论治规律研究。以《伤寒论》《金匮要略》和温病学等中医经典著作的理论与临床实践为研究重点，以辨证论治体系为中心，采用现代文献和实验研究方法，探讨疾病的发生发展规律，阐述中医主要治则治法的理论和机制，深入研究经方和温病学方剂在治疗外感病、疑难杂病等临床各科疾病中的应用及科学内涵。
二是滇南医学学术思想与特色方药研究。云南地域医药和学术流派等的经典理论及其经方、单验方在肝病、痹病、郁证等应用基础研究为重点，开展云南医药理论源流、治则治法、组方证治规律、物质基础、药效和作用机制及安全性研究。
（一）中医经典研究与地方学术流派传承相结合，如学科承建了中管局首批学术流派云南吴氏扶阳流派二级工作站；并积极参与云南地方中医其他学术流派，如云南姚氏妇科流派、云南戴氏经方医学学术流派、云岭疏调学派的建设工作。并积极推动临床应用，与建水县中医院、石屏县中医院等多家中医院协作共建中医经典教研室，建立了多个临床基地。
（二）学科注重理论、实验、临床研究相结合。在中医经典理论的指导下，采用文献、实验、临床研究等多种现代手段，挖掘《伤寒论》《金匮要略》和温病学等中医经典著作的科学内涵，围绕经方对疑难病、常见病的防治作用以及中医辨证论治规律研究。
（三）学科注重中医文化研究，积极参与校园文化建设，共承办三届云南省中医经典知识竞赛、十届“仲景杯”知识竞赛或吟诵比赛，是中医药院校校园文化品牌，并主导建设中医经典课程开放式互动平台。
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