云南中医药大学方剂学学科成立于六十年代初期，是西南地区较早建立的方剂学学科之一，是学院自成立以来较受重视、较有特色的学科，也是名家辈出的学科。在已故的著名方剂学家许子建教授的学术思想影响下，一大批方剂学专家教授前赴后继的艰苦创业下，方剂学学科从无到有，从小到大，从弱到强，形成了研究方向稳定，研究特色鲜明，以青年教师为主体，以中年教师为骨干，以教授为领衔，年龄、知识、学缘、职称结构合理，年富力强、生机勃勃的学术梯队。
本学科于2006年获得硕士研究生学位授予权，硕士生导师7名。
目前本学科专兼职教师7名，其中，教授2名，副教授5名，博士3名，硕士2名。现有全国高等中医药院校教学名师1人，全国老中医药专家学术经验继承工作指导教师1人，中华中医药学会方剂学分会常务理事2人，国家中医药管理局“十二五”重点学科带头人1人，国家中医药管理局中医药优势学科继续教育基地负责人1人，国家全民健康素养巡讲专家1人，云南省有突出贡献优秀专业技术人才2人，云南省享受省政府特殊津贴1人，云岭教学名师2人，云南省名中医1人，云南省高校教学名师2人，云南省“名师工作室”1个，云南省教育功勋奖1人，云南省优秀教师1人，云南省万人计划教学名师1人，云南省师德先进个人1人，云南省工作创作优秀个人1人，云南省精品视频公开课主讲教师5人，云南省优秀青年中医2人，云南省骨干教师2人，云南中医学院骨干教师5人，云南省普通高校本科一类精品课程负责人2人。云南省健康教育协会中医专业委员会主任委员1人，云南省中西医结合学会心身医学专业委员会主任委员1人，云南省医师学会中医养生分会副主任委员1人，云南省中医药职业教育教学指导委员会副主任委员1人，云南省中医药学会中医药文化传播与信息专业委员会副主任委员1人，云南省中医药学会古籍专业委员会副主任委员1人，海峡两岸医药卫生交流协会中西医结合专业委员会常务理事1人，中华中医药学会科普分会理事1人，云南省高等教育学会医学教育分会理事1人。
方剂学学科为院级重点扶持建设学科，《方剂学》课程为云南省一流本科课程、云南省普通高校本科一类精品课程及云南省精品视频公开课。学科教学研究项目获由云南省人民政府颁发的云南省高等教育教学成果一等奖2项、二等奖2项，荣获全国高等中医药院校教学名师、云岭教学名师、云南省教学名师、云南省精品教材、云南省教育功勋奖，云南省高校教师教学竞赛二等奖等省厅以上级教学奖励40余项，共出版学术专著40余部，公开发表学术论文340余篇，承担国家自然科学基金项目3项，省基金10项。
学科组导师在2004—2020年期间培养硕士研究生80人。
经过多年的探索和积累，目前本学科主要形成了以下3个研究方向：
1.方剂配伍规律的理论与临床研究：遵循中医药学的特点，运用现代科学知识和技术手段，密切结合中医临床，研究临床常用方剂的组方用药特点及其配伍规律。通过对临床常用方剂组方配伍规律的整理总结，培养和提高运用方药的技巧和能力，减少临床运用方药的随意性，指导临床正确遣药组方，提高整体综合治疗效果。
2.临床常见病证的治法与方剂研究：通过系统归纳整理古今医家诊治临床常见病证的治疗大法与具体治法，借助中医临床及现代研究手段，结合脏腑病机、气血津液病机与相应方剂，对临床常见病证进行治法与病机、方剂之间的规律研究，为临床常见病证处方用药提供一定的思路和可借鉴的治法依据。
3.方剂作用机理及物质基础研究：选择遵循按理法方药配伍精当，整方或各单味药的化学、药理等相关研究较为充分，对于某些病证的治疗具有明显优势的方剂为研究对象进行多层次研究，综合分析该方产生疗效的物质基础，探讨物质基础的变化与配伍、药理效应间的内在关系。以方剂的物质基础研究为核心，充分运用各种现代实验方法，从多层次、多水平探讨方剂的作用机理及物质基础。注重方剂配伍理论与现代药理交互作用理论结合，物质基础分析与药理效应观察相结合。探索方剂有效成分及其量的变化与配伍、药效之间的内在联系，阐释方剂作用的科学内涵。
注重方剂配伍规律理论与临床关系研究，对类风湿、抑郁症、焦虑症、恐惧症，强迫症、睡眠障碍、多囊卵巢综合征、月经不调、更年期综合症、不孕症、痤疮、黄褐斑、等内科、妇科及皮肤科等心身疾病治疗方药的配伍理论和临床及实验研究取得了阶段性的研究进展，代表性的有“桂枝温通经脉配伍环境对PICK的下调在RA中的表达、焦虑症治疗方剂组方配伍规律研究、开心散常用药对干预应激抑郁大鼠行为及NE、5-HT的对比研究、控制桂枝在复方中功效发挥方向的多因素研究等”。
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