2003年获中西医结合基础硕士学位授权，2006年中西医结合一级学科获得硕士学位授权，2022年中西医结合列入云南省立项建设博士学位授权点。中西医结合学科作为学位点的重要支撑，先后被遴选为国家中医药管理局、云南省“十一五”、“十二五”重点建设学科及云南省“十三五”一流学科A类高原学科，已形成有一定优势特色、相对稳定的研究方向，并作为西部中西医结合学科人才培养重要的基地，逐步形成了较完善的教育教学、科学研究和人才培养体系。
学位点始终贯彻落实国家“坚持中西医并重，传承发展中医药事业”的方针，始终坚持服务地方、严格要求、精细管理的培养理念，以培养高层次中西医结合人才为目标。以中医理论为指导，基于中医学核心元素的科学内涵，运用现代科学研究技术、方法和手段，综合运用免疫学、微生态学、病理学、生理学、药理学等研究手段和技术方法，多角度、多层面深入开展中医病因病机、证候特征、辨证规律、中医临床用药规律、治则治法、药理药效等方面的研究。结合云南区位与民族医药特点，形成了中西医结合防治肺、肠疾病、肝病、代谢性疾病、肿瘤、神经精神疾病等稳定的研究方向，多学科交叉共同揭示疾病的发病机制及中医药的防治机理，优化并形成中医药防治疾病的新方案，着重培养具备一定科学研究素养和能力的中西结合复合型型人才。
近年来，本学科教师承担各级科研项目130余项，国家自然科学基金30余项，省部级90余项，发表论文300篇，其中SCI论文103篇，影响因子大于5的25篇。出版专著2部，主编规划教材5部，副主编教材4部，参编教材36部。荣获云南省科技进步一等奖1项、三等奖2项；中华中医药学会科学技术奖二等奖1项、云南省卫生科技成果二等奖、三等奖各2项，云南省级教学成果奖3项，授权专利15项。
学位点已培养硕士研究生100余人。近5年升学率为12-15%，有多名毕业生通过审核制进入北京大学、广州中医药大学、成都中医药大学、东北师范大学、暨南大学、湖南中医药大学、北京科技大学等高校读博。
学位点拥有1个省级重点实验室“云南省中西医结合慢病防治重点实验室”，1个省级新型研发机构，1个省级创新团队，1个省级研究生导师团队。1个省级“中西医基础医学”教学团队，5个省级院士专家（王庆国、程永现、郜发宝、刘建勋、徐宏喜）工作站，5个云南省教育厅高校重点实验室（分子生物学重点实验室、中医证候微观辨证重点实验室，芳香中药研究重点实验室、中医风湿免疫病重点实验室、中医药防治神经精神疾病重点实验室），1个云南省教育厅经典名方调节免疫防治慢病工程研究中心，1个昆明市“中医药学分子生物学”重点实验室。建有基础医学院学科开放共享平台，设有分子生物学实验室、病原微生物学实验室、病理学实验室等功能实验室，共有面积约 2000 平方米，涵盖了动物实验、微生物学、分子生物学、细胞培养等基础研究技术平台。现有仪器设备价值达2000万元以上，为理论教学、实验拓展和科研能力稳步提高提供支持条件。
①中医药调节免疫及微生态平衡防治慢病应用基础研究：基于中医理论体系邪正发病机制，融合现代医学实验技术手段，多角度深入开展人体免疫功能调节、微生态失调与疾病的相关性研究，重点聚焦高原肺系疾病、炎症性肠病、内分泌代谢性疾病、免疫相关慢病的应用基础研究和中医药作用机制研究，揭示中医方药防治慢病的科学内涵，优化并形成中医药防治慢病的方案,开展院内制剂、微生态制剂、健康产品等应用基础研究。
②中西医结合防治肝胆及肿瘤疾病的应用基础研究：中医“肝”相关疾病“证治关系”物质基础研究，从“证候”的角度，在中医整体观及“以方验证”的思路指导下，应用组学及生物信息学分析技术，从转录、蛋白、代谢多个水平探讨非酒精性脂肪性肝病及应激下“肝郁化火证”中医证候的生物学基础。中药复方及单体防治肝胆疾病及肿瘤的作用机制研究：充分挖掘云南民族及滇南医药资源，运用现代科学技术手段，多学科结合，研究慢性肝病发展中出现的炎症、纤维化、硬化等病变，以及肿瘤（肝癌、肺癌、宫颈癌等），结合临床与基础，从病证辨治规律的科学内涵、治则治法研究、新药技术开发等方面进行中医药应用基础研究。
③中西医结合防治神经精神疾病理论与应用研究：主要针对自闭症、抽动症、抑郁症、焦虑症、脑卒中、卒中后抑郁、脊髓损伤、心理应激和睡眠障碍等神经精神疾病，筛选防治神经精神疾病有效的中药和民族药，研究药物的作用机制；并通过辨证取穴和对症取穴，选取治疗神经精神疾病的穴位，研究其对相关信号通路的影响机制等。
④中西医结合防治风湿免疫疾病的应用基础研究：围绕类风湿关节炎、痛风、骨关节炎、高尿酸血症等常见风湿免疫性疾病，通过开展临床研究筛选疾病相关诊断性标志物，以及证候物质基础，通过动物或细胞实验进行验证，并在此基础上探讨蠲痹颗粒、痛风消痛颗粒、骨痹宁等医院制剂或相关中药方剂，以及特色民族方药发挥疗效所依赖的物质基础，及药理作用机制。
学位点始终贯彻落实国家“坚持中西医并重，传承发展中医药事业”的方针，始终坚持服务地方、严格要求、精细管理的培养理念，以培养高层次中西医结合人才为目标。以中医理论为指导，基于中医学核心元素的科学内涵，运用现代科学研究技术、方法和手段，综合运用免疫学、微生态学、病理学、生理学、药理学等研究手段和技术方法，多角度、多层面深入开展中医病因病机、证候特征、辨证规律、中医临床用药规律、治则治法、药理药效等方面的研究。结合云南区位与民族医药特点，形成了中西医结合防治肺、肠疾病、肝病、代谢性疾病、肿瘤、神经精神疾病等稳定的研究方向，多学科交叉共同揭示疾病的发病机制及中医药的防治机理，优化并形成中医药防治疾病的新方案，着重培养具备一定科学研究素养和能力的中西结合复合型型人才。
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