中医免疫学是中医学、免疫学以及相关学科的新兴交叉学科，是运用现代免疫学知识、结合中医理论和方法，探讨研究中医药防治相关疾病的学科。重点研究微生态局部与全身互作机制、组织器官或病变区域微环境特性等疾病发生、发展、转归、康复过程的共性科学问题，为感染性疾病、代谢性疾病等疾病过程提供中医药防治的新视角和新干预策略。该学科是云南中医药大学中西医结合一级学科下设置“中医免疫学”二级学科硕士点，于2019年获教育部批准备案。
学科现有学科骨干人员29人，正高级职称4人，副高级职称11人，中级职称14人。博士学位教师10人，硕士学位教师16人，已形成了老中青相结合、不同知识层次相结合、整体素质较高的学术梯队，具有较强的凝聚力和创造力，为学科的建设和发展奠定了基础。近年来学科已发表学术论文共计121篇，其中SCI/EI收录32篇；授权专利16件，其中发明专利13件、实用新型专利3件；主编或副主编出版在编专著与教材共14部。
学科现有省级以上在研科研课题项目30余项，其他科研项目20余项；依托云南省中西医结合慢病防治重点实验室、云南省“中医药调节人体微生态创新团队”、云南省“十三五”一流学科A类高原学科、云南省教育厅经典名方调节免疫防治慢病工程研究中心、昆明市中医药学分子生物学重点实验室、云南省高校实验教学示范中心，科研经费共计约1600万元。
目前在读研究生17人，其中获校级研究生学术论坛“五行·吾行”学术论坛第二名2人次；获云南省教育厅研究生课题资助1项、基础医学院研究生课题资助3项、云南省中西医结合慢病防治重点实验室开放课题5项。
1.中医药防治肺系疾病研究
从免疫微生态的角度探索肺系疾病防治，通过中医药调节呼吸道和消化道微生态-分子免疫平衡，达到防治呼吸道疾病的目的。
2.中医药防治肝病研究
以中医药在防治脂肪肝、慢性肝炎、肝纤维化、肝硬化等常见肝病方面的特色优势为依据，应用现代科学方法和技术，结合云南名中医防治肝病的理论及经验，从文献研究、临床研究、基础研究等方面入手，探讨中医药防治肝病的作用及其机理，为临床应用提供理论及实验依据。
3.中医药防治代谢性疾病研究
主要研究免疫与代谢在生理及疾病中的相互影响，探索中医药干预以高血糖、血脂异常等为共同病理基础的代谢性疾病，开展在中医药理论指导下的糖脂代谢异常机理研究，阐释有效方药的防治机理，为临床防治该类疾病提供新策略。
本学科面向国家经济社会和谐发展与科学发展前沿的需求，运用现代免疫学知识、结合中医理论和方法，探讨研究开展了中医学与免疫学相互交叉的系列研究，重点研究肺系疾病、肝病、代谢性疾病等疾病发生发展中肠菌代谢与免疫稳态的关键作用与机制，为感染性疾病、代谢性疾病等疾病提供中医药防治的新视角和新干预策略。
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